4.7.1. MicroManager

4.7.1.1. Подготовка к работе

  • Установите Micro-Manager. Это достаточно простая процедура, и на данном этапе проблем возникнуть не должно.
  • Скачайте дистрибутив библиотеки libximc-2.7.6 .
  • Скопируйте следующие файлы .dll из распакованной директории ximc-2.7.6/ximc/win32/ в директорию Micro-Manager: libximc.dll, xiwrapper.dll, bindy.dll
  • Установите VC++ 2013 Redistributable Package из распакованного файла ximc-2.7.6/ximc/win32/vcredist_x86.exe
  • Подсоедините источник внешнего питания к 8SMC4-USB и настройте соответствующее напряжение для моторов на вашей подвижке. Включите источник питания.
  • Вам понадобится XiLab, чтобы проверить наличие 8SMC4-USB в ОС и настроить их. Версия XiLab зависит от версии прошивки контроллера. Вы можете загрузить XiLab и обновить прошивку контроллеров по этой ссылке:.
  • Подсоедините 8SMC4-USB контроллеры к компьютеру через USB. XiLab должен обнаруживать их. Нажмите Restore from file… в окне Settings… и выберите соответствующий профиль для вашей подвижки. Нажмите Save to flash. Это нужно, чтобы сохранить профиль в XiLab. Для получения дополнительной информации пройдите по ссылке: Руководство по программе XILab.
../../../_images/uM_set_XiLab.png

4.7.1.2. Начало работы с Micro-Manager

4.7.1.2.1. Запуск Micro-Manager

Примечание

При установке Micro-Manager в C:\Program Files доступ к файлам конфигурации ограничен и требуется обладать правами администратора. Для запуска приложения от имени администратора нажмите на него правой кнопкой мыши и выберите Запуск от имени администратора.

  • Запустите Micro-Manager через ярлык на рабочем столе или ImageJ.exe из корневой директории программы. При первом запуске ПО MicroManager приветствует Вас и предлагает некоторую информацию о себе.
  • Следующее окно содержит выпадающий список с конфигурационными файлами. Нажмите None.

4.7.1.2.2. Настройка оборудования

  • В главном окне программы выберите Tools → Hardware configuration wizard.
../../../_images/uM_HCW.png

Процесс настройки состоит из 6 шагов:

  1. Для начала, выберите «Create new configuration» и нажмите «Next».
../../../_images/uM_newconf.png
  1. Во-вторых, Micro-Manager попросит Вас выбрать оборудование для работы. Если вы хотите работать с 8SMC4-USB контроллерами, выберите папку Standa8SMC4 в нижнем окне с доступными устройствами. В ней содержится 2 драйвера: Standa8SMC4Z для работы с 1 осью и Standa8SMCXY для работы с 2 осями. При выборе одной из них появится следующее диалоговое окно.
../../../_images/uM_set.png
  1. В колонке Value необходимо вписать номер COM порта для 8SMC4-USB устройства в следующем формате:

    xi-com:%5C%5C.%5CCOMn
    

    где n - номер соответствующего COM порта (смотрите скриншот выше). Найти информацию о созданном COM порте можно в XiLab или Device Manager → Ports. Нажмите Ok. В полях Unit Multiplier X/Y оставьте значения по умолчанию. Это поле позволяет вам настроить скорость вашего позиционера.

  2. Для Standa8SMC4Z (ось Z) Вам также надо указать номер COM порта и значение Unit Multiplier. Ось Z обычно используется для фокусировки.

  3. Таким же образом в список устройствдобавляется камера. Для этого необходимо знать точное название драйвера для вашей камеры. Для работы с USB камерой используется драйвер OpenCVGrabber. Выберите папку OpenCVGrabber среди Available Devices. Появится следующее окно. Нажмите Ok.

    ../../../_images/uM_set_OpenCV.png
  4. Далее нажмите Next в последующих шагах и Finish на последнем шаге.

Конфигурация устройств для MicroManager завершена.

4.7.1.2.3. Работа с контроллерами

В предыдущих пунктах была проведена настройка Micro-Manager. Ниже приведены шаги для проверки корректной работы.

  1. Во-первых, настройте размер пикселя в Tools → Pixel Size Calibration…. Вам необходимо указать значение размера пискеля и отметить параметры на которые Micro-Manager должен опираться при работе. Нажмите New, чтобы задать новый размер пикселя. В появившемся окне отметьте разрешение вашей камеры (при использовании драйвера OpenCVGrabber * - это параметр *OpenCVGrabber - Resolution) и укажите размер пикселя (в um). Для расчёта размера пикселя вам нужно знать размер изображения из микроскопа, его разрешение и смещение (исходя из шага винта) для вашей подвижки.
  2. Во-вторых, настройте UnitMultiplierX и UnitMultiplierY (Tools → Hardware Configuration Wizard → выберите «Modify or explore the existing configuration» → Нажмите «Next» → двойной клик по «Standa XY Stage» в Installed Device window). Это необходимо для правильного перевода перемещения подвижки в изменение размера пикселя.
  3. В-третьих, выберите Tools -> Stage Position List…. Нажмите Set Origin, чтобы задать ноль начала координат вашей системы. Затем в главном окне нажмите Live. Выберите Scrolling Tool (похоже на руку) в окне ImageJ. Курсор должен быть похож на руку. Нажмите в открытое окно, в котором транслируется видео с камеры. Теперь вы можете контролировать перемещения подвижки с клавиатуры (стрелки «вверх», «вниз», «влево», «вправо» для работы с осями XY и клавиши U,J для работы с осью Z).
  4. Также, вы можете перемещать изображение мышью. Нажмите Tools → Mouse Moves Stage (Use Hand Tool). Теперь нажмите на окно с видео и потяните в желаемом направлении. Подвижка начнёт двигаться в том же направлении. Двойной щелчок мыши по некоторой точке изображения позволит центрироваться на этой точке.

Примечание

Например, вы задаете размер пикселя равным 1um. И UnitMultiplierX/Y равно 1.0000. Из таблицы 8MTF однопиксельный сдвиг соответствует 12.5 мкм. Если мы установим UnitMultiplierX/Y на 12,5, то движение в одном пикселе будет соответствовать 1 мкм.

Примечание

Вы можете экспериментально уменьшить UnitMultiplier, если необходимо уменьшить скорость подвижки и увеличить его, если нужна большая скорость.